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佑安医院与清华大学合作报道:COVID-19临床样本定性与定量检测比较

发布日期:2020-08-23

摘要

2020年8月23日,佑安医院娄金丽团队和清华大学医学院郭永团队合作,在Clinica Chimica Acta 发表题为 “Comparison of qualitative and quantitative analyses of COVID-19 clinical samples” 的文章。该文章使用逆转录实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和液滴数字PCR(ddPCR),从定性和定量的角度对入组的91例病例的样本进行了分析,重点探讨了两种方法针对COVID-19的诊断性能和适用性。

ddPCR显示比RT-qPCR具有更高的灵敏度和更低的检测下限,并且它能提供绝对定量,且并不依赖于标准曲线,因此,对于COVID-19的研究和治疗指导,ddPCR比RT-qPCR具有更大的优势。

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研究背景

2019年末COVID-19疫情爆发以来,已经感染了超2000万人,并导致了超80万人的死亡,是目前全球公共健康面临的最大挑战。在疑似病例的确诊和排除中,病毒核酸检测因快速、准确、高灵敏的特性成为主要的诊断方法,目前主要以RT-qPCR和ddPCR两种方法进行样本的定性和定量分析,它们在COVID-19的诊治、监测、预防和控制中起着重要的作用。

方法与结果

本研究总共从30例确诊COVID-19的患者和61例疑似排除患者中收集了117个样本,分别使用RT-qPCR和ddPCR(新羿生物)对这些样本进行定性和定量分析。对比发现:

1)RT-qPCR和ddPCR的阳性检出率分别为93.3%和100%,ddPCR的结果和临床诊断结果的一致性更高。

2)在这117个样本中,有6个样本经RT-qPCR检测为单基因阳性,但经ddPCR鉴定为阳性,而3个样本经RT-qPCR检测为阴性,但经ddPCR检测为阳性。这9例样本均来自确诊患者,并且样本的病毒载量相对较低(3.1–20.5拷贝/测试),表明ddPCR比RT-qPCR具有更高的灵敏度和更低的检测下限。

3)在46份阳性样本中,有17份样本(37%)的病毒载量低于20拷贝/测试,说明低拷贝标本在临床检测中并不少见。

4)在一名重症患者的动态监测中,来自该患者的所有6个样本经RT-qPCR检测均为阴性,但其中4个样本经ddPCR检测为阳性,这些样本的病毒载量低,表明ddPCR更加灵敏。

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研究结论

COVID-19是一种新的传染病,有必要加深对该病的研究以更好地进行疫情防控和诊治。定量分析为研究团队提供了更多信息,可能会加深对于COVID-19的临床理解。ddPCR显示比RT-qPCR具有更高的灵敏度和更低的检测下限,并且它能提供绝对定量,且并不依赖于标准曲线,因此,对于COVID-19的研究和治疗指导,ddPCR比RT-qPCR具有更大的优势。

作者介绍

党燕、刘宁和陈芊如为该研究的共同第一作者,娄金丽和郭永为该研究的共同通讯作者。

参考资料

Dang Y, Liu N, Tan C, Feng Y, Yuan X, Fan D, Peng Y, Jin R, Guo Y, Lou J. Comparison of qualitative and quantitative analyses of COVID-19 clinical samples. Clinica Chimica Acta. 2020, 510:613-616.